En comparaison aux estuaires des zones tempérées, les estuaires tropicaux entourés par la mangrove sont moins connus et documentés. Dans le cadre du projet EFHEMAR financé par l’Office de l’Eau de la Guyane (2016-2018), les premières données hydromorpho-sédimentaires de l’estuaire du Maroni ont été collectées, dans le but de réaliser une description actualisée de l’estuaire, ainsi que dans le but d’alimenter un modèle en cours de développement. L’analyse des enregistrements de marée indique que l’estuaire, au moins pour sa partie aval, est convergent, avec une amplification du marnage au moins jusqu’à Crique-Vache , situé à 8 km de l’embouchure. Les courants de marée mesurés suivent les oscillations semi-diurnes de flot et de jusant ; en saison sèche ils induisent des remises en suspension de sédiments fins en amont de l’estuaire ; en saison humides ils sont complètement dominés par l’écoulement fluvial. Les mesures de salinité montrent de forts contrastes saisonniers en termes de stratification, contrôlée par le régime fluvial. En saison sèche l’estuaire est partiellement mélangé aussi bien à marée haute qu’à marée basse. En saison humide, un coin salé est bien identifié à marée haute, mais à marée basse le gradient salin est expulsé de l’estuaire. L’analyse des premières mesures de turbidité montre que des contrastes forts existent aussi en termes de concentration en matière en suspension, avec un estuaire très turbide en saison sèche, et des eaux plus claires en saison humide. Un "bouchon vaseux" semble persister près de l’embouchure en saison humide, tandis qu’en surface les eaux douces fluviales arrivent chargées en matières en suspension plus récentes.